Además del Plenario, el Parlamento del MERCOSUR cuenta con una Mesa Directiva, y diez Comisiones Permanentes.
La Mesa Directiva tiene como misión la conducción del trabajo legislativo y de los servicios administrativos del Parlamento.Cuenta por un Presidente y un Vicepresidente de cada uno de los estados miembros plenos del MERCOSUR. Además es asistida por un Secretario Parlamentario y un Secretario Administrativo.
Las diez Comisiones Permanentes. así como sus competencias fueron definidas en el Reglamento Interno.
Actualmente las Comisiones Permanentes son:
- Asuntos Jurídicos e Institucionales
- Asuntos Económicos, Financieros, Comerciales, Fiscales y Monetarios
- Asuntos Internacionales, Interregionales y de Planeamiento Estratégico
- Educación, Cultura, Ciencia, Tecnología y Deporte
- Trabajo, Políticas de Empleo, Seguridad Social y Economía Social
- Desarrollo Regional Sustentable, Ordenamiento Territorial, Vivienda, Salud, Medio Ambiente y Turismo
- Ciudadanía y Derechos Humanos
- Asuntos Interiores, Seguridad y Defensa
- Infraestructura, Transportes, Recursos Energéticos, Agricultura, Pecuaria y Pesca
- Presupuesto y Asuntos Internos.
Todas las reuniones, tanto del Plenario como de las Comisiones son públicas.